为CRISPR敲入实验设计HDR敲入模板和sgRNA序列

设计软件操作指南视频

请输入19-20nt guide RNA序列(不含PAM),您可以输入guide RNA的序列或靶序列的DNA序列。
请输入19-20nt guide RNA序列(不含PAM),您可以输入guide RNA的序列或靶序列的DNA序列。
外显子(-) 外显子(+) 删除片段 插入片段 guide RNA 翻译蛋白序列(插入后) 翻译蛋白序列(插入前)
序列翻转在线工具

请注意eGFP序列中并未包含终止密码子,如有需要,请自行添加。

设计结果 - Gene Symbol (Gene ID )

对于超过20kb的HDR模板,请联系我们获取技术支持 (oligo@genscript.com.cn)

输入序列


输出序列

Please enter 17-23nt guide RNA sequence.

GenCRISPR HDR敲入模板设计工具使用指南

简单4步,快速获得精准的HDR敲入模板和sgRNA序列!支持150nt – 20kb的基因敲入模板设计,提供ssDNA、dsDNA、GenCircle dsDNA(环状模板)选项!


  1. 输入页面: 提供目标物种、目标基因信息,可选择特定编辑位点或根据特定guide RNA设计敲入模板
  2. 设计页面: 通过鼠标移动编辑位点,输入敲入序列,选择蛋白标签、同源臂长度、设计结果数量等
  3. 结果页面: 查看设计的HDR模板和sgRNA序列、On Target score、Off Target score等参数,选择合适的设计,可添加CTS序列提升敲入效率
  4. 下单页面: 选择您需要的规格,加购物车并成功提交询单即可

任何问题,欢迎联系专业的技术支持,邮箱:oligo@genscript.com.cn,电话:400-025-8686分机5812或5815。

选择编辑位置:

  • 绿色竖线标签表示编辑位点。
  • 当鼠标放置在绿色标签或其两端,并变为十字形状时,按住鼠标左键可调整绿色标签左右两端的位置,选择合适的编辑位置。

浏览序列谱图:

  • 将鼠标放在序列图上,点击并滚动鼠标滚轮,可以放大序列谱图,显示每个碱基和氨基酸。
  • 按住鼠标左键可将序列谱图自由向左或向右移动。

默认同源臂长度信息

当删除序列的长度≤70bp

  • 针对≤100bp的敲入序列,同源臂长度默认为70nt
  • 针对>100bp的敲入序列,同源臂长度默认为300nt
  • 建议如果敲入序列长度≤2kb,选择ssDNA,推荐同源臂长度设置为250nt;选择dsDNA,推荐同源臂长度设置为150-200bp。如果敲入序列长度>2kb,同源臂长度推荐设置为300-500bp

当删除序列的长度>70bp

  • 当删除序列的长度为70-299nt,同源臂长度默认为300nt
  • 当删除序列的长度为300-499nt,同源臂长度默认为500nt
  • 当删除序列的长度为500-1500nt,同源臂长度默认为700nt
排名是根据不同sgRNA的“与敲入位点的距离”,这个参数越小,排名越高。 如果“与敲入位点的距离”相同,sgRNA的“目标得分”越高,排名越高。 请根据您最重要的参数选择设计。

更高的on target评分代表着更高的编辑效率,参考文献 Doench-score
设计结果排名顺序根据on/off target评分等综合评估排序。

更高的off target评分代表着更高的脱靶效应,参考文献 Doench-score
设计结果排名顺序根据on/off target评分等综合评估排序。

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