引物合成常见问题

引物合成常见问题

• 引物的设计和修饰

  1. 引物设计的基本原则是什么？

  2. 常用引物设计软件有哪些？

  3. 文献上找到的引物和探针序列能否直接使用？

  4. 如何计算引物的Tm值？

  5. 常见的引物修饰的有哪些？

  6. 为什么修饰引物的产量要比一般引物低，价格要高？

  7. 合成的荧光标记探针应如何保存？

  8. 常见的荧光染料有哪些？

  9. 5-FAM、6-FAM、FITC标记之间有何区别？

  10. 淬灭基团为TAMRA、Eclipse或BHQ系列染料的双标记荧光探针在使用上有什么不同？

  11. TaqMan探针设计的基本原则是什么？

  12. 修饰标记对OD值的测量有影响吗?

  13. 磷酸化是怎么回事？

  14. Phospothioate（S-oligos）硫代引物和普通的引物有什么区别？

  15. 氨基修饰的原理是什么？注意事项是什么？

  16. HEX，TET or 6-FAM几种的区别是什么样的？

• 引物的合成和纯化

  1. 引物是如何合成的？

  2. DNA合成粗产物中含有什么杂质？

  3. 引物纯化方式有哪些？

  4. 引物纯化方式如何选择？

  5. 合成的引物5’端是否有磷酸化？

  6. 最长可以合成多长的引物？

  7. 为何长链引物的收费要比短链引物要高？

  8. 交付引物质量好坏的判断标准是什么？

  9. PCR产物经过克隆以后测序发现引物区与合成序列不相符合，怎么办？

  10. 测序发现引物有突变是怎么回事？

• 引物的使用和保存

  1. 如何确定需要合成多少OD值的引物？

  2. 如何测定引物的OD值？

  3. 如何通过OD值计算引物的浓度？

  4. 引物（含修饰）的分子量是如何确定的？

  5. 如何保存引物？

  6. 引物在常温下运输，会降解吗？

  7. 如何溶解引物？

  8. 已经溶解的引物，为什么原先使用正常，而过一段时间再使用就不好了？

  9. 如何检测引物的纯度？

  10. 当引物的OD260/OD280小于1.8时，引物的纯度合格吗？

  11. 同样的OD用PAGE检测，EB染色为什么深浅不一？

  12. 进行PAGE电泳时，长度完全一样的Oligo DNA为什么泳带不在同一位置？

  13. 能否使用Agarose凝胶电泳分析合成的引物？

  14. 有时候干燥后的引物呈黄褐色，这是DNA的本身颜色吗？

  15. PCR扩增不出来，跟引物有关吗？

  16. 合成的引物进行PCR反应时无目的带，怎么办?

  17. PCR扩增有很强的非特异条带，说明引物有污染吗？

  18. 如何将两条互补的单链退火形成双链？

  19. 引物片段退火后不能连接到载体上是什么问题？